La noticia de la independencia llegó a San Salvador el 21 de septiembre. La noticia de la independencia desconcertó a la mayoría de los grupos conservadores en las distintas provincias y ayuntamientos de Centroamérica.
La Junta de Guatemala declaró la anexión a México el 5 de enero de 1822. Iturbide envió tropas mexicanas al mando del general Vicente Filísola para someter a las provincias rebeldes de San Salvador y San Vicente. El general Filísola entró con sus tropas a San Salvador en febrero de 1823, luego de varios meses de resistencia.
La asamblea centroamericana proclamó, el 1 de julio de 1823, la independencia de España, México o cualquier otra nación y se constituyeron las Provincias Unidas de Centroamérica.
En 1826 el gobierno de Arce se enfrentó con el gobierno liberal del Estado de Guatemala, estallando la guerra civil en toda Centroamérica con excepción de Costa Rica.
Desde la época colonial existía gran recelo entre las élites de San Salvador y Guatemala y luego de la independencia, se produjo una abierta confrontación. Mientras el gobierno de la República Federal residió en Guatemala, hubo numerosos enfrentamientos entre éste y el gobierno estatal de El Salvador.
En 1827 estalla la guerra entre el gobierno del Estado de El Salvador y el gobierno federal de Arce. En 1830 los salvadoreños eligen a José María Cornejo, un conservador, como Jefe de Estado, quien se opone al nuevo presidente federal Morazán y llega hasta declarar la separación del Estado salvadoreño de la Federación.
Morazán entonces invadió El Salvador y trasladó la capital federal a San Salvador, en 1834. Luego del traslado a San Salvador del gobierno federal y hasta 1840, Morazán impuso un fuerte control sobre el gobierno del Estado de El Salvador.
Carrera derrotó a Morazán, quien abandonó San Salvador en 1840, rumbo a Costa Rica. Tras el exilio de Morazán, se instaló un nuevo gobierno conservador en El Salvador, presidido por Juan Nepomuceno Lindo.
Pugnas entre liberales y conservadores (1841-1876)
En febrero de 1841, la Asamblea Constituyente aprobó un decreto que establecía la separación formal de El Salvador de la Federación Centroamericana, y declaraba al país, Estado independiente y soberano.