Época republicana
José Matías Delgado, nacido en San Salvador e importante figura centroamericana.
San Salvador tuvo un destacado rol en los años previos a la independencia de centroamérica.
Fue allí donde se dio la primera rebelión en 1811 en contra de las autoridades de la Capitanía, y una más en 1814, ambas sin éxito.
Con la declaración del Plan de Iguala por Agustín de Iturbide, las entonces provincias de la Capitanía declararon su emancipación el 15 de septiembre de 1821; las noticias de este suceso llegaron a San Salvador el 21 de septiembre.
Las antiguas intendencias se gobernaron independientemente, en San Salvador hubo un Jefe Político. Pero, en definitiva, todas estaban aún bajo la dirección de una Junta Provisional Consultiva con sede en Guatemala.
Meses después llegó desde México una invitación de Iturbide para que las provincias se unieran al nuevo Imperio.
La Junta decidió su anexión el 5 de enero de 1822; solo dos ayuntamientos, de los 170 que conformaban la región, se negaron: San Salvador y San Vicente.
En los siguientes dos años la ciudad enfrentó dos invasiones desde Guatemala, que las fuerzas defensoras pudieron repeler.
Pero, en febrero de 1823, Vicente Filísola asedió a la ciudad y la ocupó; su estadía acabó debido al retiro del poder de Iturbide.
Con el nacimiento de la República Federal de Centroamérica en 1824, la ciudad se vió envuelta en los turbulentos años que enfrentaron a liberales y conservadores.
Para separarse de la influencia de poder que ejercia la ciudad de Guatemala, Francisco Morazán decidió crear un distrito federal en San Salvador en 1834.
La situación caótica de la región creó un estado de pobreza general. Tal condición provocó, además, una epidemia de cólera en 1836.
La economía del país cambió gradualmente en la segunda mitad del siglo XIX, pues el añil fue sustituido por el cultivo de café como principal producto de exportación.
La ciudad tuvo un cambio en sus edificios principales, cuyos diseños tuvieron influencias europeas.
Para el caso, durante la administración del General Gerardo Barrios se construyó un Palacio Nacional con características Neoclásicas, lo mismo que la Universidad de El Salvador, en 1870, con notables influencias francesas.
Por otro lado, un hecho destacado fue la llegada del telégrafo en 1879. Un viajero de apellido Sherzer describió a la población en esos años:
Un diplomático estadounidense, por su parte, en un libro llamado “Notas sobre Centroamérica” estimaba la población de esta localidad en 25.000 personas en 1852.
Sin embargo, cualquier avance en la infraestructura tenía como problema los habituales terremotos que han asolado la región.
En 1854 hubo tanta destrucción en la capital, que las autoridades se trasladaron a Cojutepeque por cuatro años; y Santa Tecla surgió para hacer de ella una potencial capital. Hubo otros acontecimientos de este tipo en 1873 y 1880.