La Junta cayó tres meses después que el coronel Jaime Abdul Gutiérrez y el coronel Guillermo García, Ministro de Defensa, controlarán la transición política.
En febrero, el mayor Roberto d’Aubuisson, ex Jefe de la sección política del Departamento de Inteligencia (G-2) de la Guardia Nacional y director de la ANSESAL, una agencia de inteligencia del Ejército, apareció en la televisión vinculando a un grupo de demócratacristianos con las organizaciones revolucionarias. Mario Zamora Rivas.
El 24 de marzo fue asesinado el Arzobispo de San Salvador, Monseñor Óscar Arnulfo Romero, después de haberle exigido a Estados Unidos retirar su apoyo militar al régimen salvadoreño y ordenar a la misma Junta el cese de la represión.
Las fuerzas de las FPL, el Partido Comunista Salvadoreño y la FARN se unificaron en la Dirección Revolucionaria Unificada, DRU, formada en mayo.
Al final de 1980, la iglesia contabilizó 28 miembros asesinados (incluyendo al Arzobispo) y 21 detenidos, además de acciones terroristas como 14 bombas, 41 ataques con ráfagas de ametralladora, 15 robos, y 33 tomas de iglesias.
Se calcula que la junta militar recibió 1.000 millones de dólares de Estados Unidos en concepto de ayuda militar para combatir la insurgencia.
Dichas acciones se darían repetidamente durante toda la guerra, dando paso a casos muy sonados tales como la masacre de la Zona Rosa y el secuestro y posterior asesinato en los Planes de Renderos, del empresario Roberto Poma. Duarte ganó las elecciones presidenciales en 1984
En 1989, el voto popular otorgó a Alfredo Cristiani de ARENA la elección presidencial. En abril de 1989, el FMLN presentó en Washington su plataforma para negociar el fin de la guerra. La madrugada del día 16, una unidad del Ejército invade la Universidad Centroamericana «José Simeón Cañas» y asesina a 6 sacerdotes jesuitas vinculados a la teología de la liberación: Ignacio Ellacuría, Ignacio Martin Baró, Segundo Montes, Joaquin López y López, Armando López, Juan Ramón Moreno y a dos de sus colaboradoras Elba y Celina Ramos.
En diciembre de 1990 al final de la guerra civil se contabilizó la muerte de más de 75,000 civiles salvadoreños y de alrededor de 9,000 desaparecidos.