El FMLN salió fortalecido de los comicios legislativos y municipales de 1997, en los que ganó la alcaldía de San Salvador.
En las elecciones presidenciales del 21 marzo de 2004, nuevamente ARENA logró la victoria, esta vez con el candidato Elías Antonio Saca, afianzando un cuarto período consecutivo. En es misma elección, la Economista Ana Vilma Albanez de Escobar se convierte en la primera mujer en ocupar el cargo de Vicepresidenta de la Republica.
El resultado electoral también liquidó a todos los partidos «pequeños» (PCN, PDC, y CD), que no obtuvieron el 3% requerido por la ley electoral para mantener su registro como partidos, de manera que de no haber sido aprobado un decreto de la Asamblea Legislativa, el sistema político sería actualmente bipartidista.
decretó una amnistía después de los Acuerdos de Paz en 1993. Como resultado de esta amnistía, ningún responsable de los crímenes efectuados antes, durante y después de la guerra ha sido juzgado.
El fenómeno social que El Salvador empezó a afrontar en la posguerra es la existencia de las «Maras» o pandillas, generado principalmente por la deportación de salvadoreños ilegales en Estados Unidos.
El nivel de criminalidad ha llegado a retar al mismo sistema judicial y al mismo gobierno, y dos programas – Mano Dura y Mano Super Dura – creados para luchar contra el crimen han fallado. Sólo en los cuatro primeros meses del 2004, El Diario de Hoy reportó casi 10,000 salvadoreños deportados.
En la actualidad, el mayor ingreso de divisas que El Salvador tiene, es el originado por el total de las remesas – que llega a un estimado de $2,000 millones – enviadas por salvadoreños que viven en el exterior. El Diario de Hoy informó en noviembre del 2004 que ese fue el mes que registró la mayor cantidad de dinero ingresada al país: más de $2,300 millones.
Una guerra civil de 12 años, cuyo costo humano llegó aproximadamente a 75.000 vidas, finalizó el 16 de enero de 1992, cuando el gobierno y la guerrilla firmaron los Acuerdos de Paz que trajeron consigo reformas militares, sociales y políticas.