Deteriorado las relaciones con Honduras a fines de 1960. Hubo un enfrentamiento fronterizo en 1967, y uno de cuatro días de fútbol llamado guerra (la guerra del fútbol), ya que fue nombrado por los medios de comunicación internacionales, estalló en julio de 1969.

La guerra terminó con un cese al fuego impulsado por la presión de los Estados Unidos y la Organización de Estados Americanos. El Salvador las fuerzas que habían invadido Honduras fueron retiradas. Estaban a pocos kilómetros fuera de Honduras capital.

Un movimiento organizado de las guerrillas de izquierda surgió en 1974 y 1975, en medio de creciente violencia política. En 1980, tres de las organizaciones de izquierda se unieron para coordinar la lucha contra el gobierno.

Este movimiento se llamó el FMLN (Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional. Inglés: Farabundo Martí Frente de Liberación Nacional). En marzo del mismo año, Monseñor Oscar Arnulfo Romero, el arzobispo de San Salvador, fue asesinado mientras celebraba misa.

La opinión generalizada es que la orden de su ejecución provino de Gran Roberto D’Abuisson, el fundador y líder de ARENA, un partido de extrema derecha. D’Abuisson es más conocido por su presunta participación en el escuadrón de la muerte asesinatos.

Murió de cáncer en 1992. El 16 de enero de 1992, el gobierno de El Salvador y el Frente Farabundo Martí Frente de Liberación Nacional (FMLN) firmaron los Acuerdos de Paz (Acuerdos de Paz) en Chapultepec, Mexico, poniendo fin a uno de los capítulos más dolorosos de la historia de la El Salvador.