En Centroamérica, el máximo caudillo liberal fue el hondureño Francisco Morazán y el principal caudillo conservador fue el guatemalteco Rafael Carrera y Turcios, ambos tenían seguidores en El Salvador.
Los caudillos salvadoreños como Gerardo Barrios (liberal) y Francisco Malespín y Francisco Dueñas (conservadores) representaron estas posiciones antagónicas.
Francisco Malespín ayudado por Rafael Carrera intenta inútilmente recuperar el poder hasta que es asesinado en 1846.
El presidente Doroteo Vasconcelos, cometió el error de enemistarse con Rafael Carrera, desconociendo a su gobierno, apoyando a los liberales guatemaltecos y repatriando desde Costa Rica, con honores, los restos de Morazán.
En 1856 los países centroamericanos se unieron para atacar a William Walker que se había apoderado del gobierno de Nicaragua. El presidente Rafael Campo nombró a Gerardo Barrios como jefe de las fuerzas salvadoreñas destinadas a Nicaragua.
A su regreso, victorioso, Barrios derrocó a Miguel Santín y en 1859 se proclamó presidente. Durante su gobierno, el presidente Barrios introdujo masivamente el cultivo del café en el país y fomentó la instrucción pública. De nuevo es Francisco Dueñas nombrado presidente en octubre de 1863, manteniéndose hasta 1871 con el apoyo de Guatemala.
Zaldívar fue derrocado en 1885, sucediéndolo el general Francisco Menéndez, quién promulgó la Constitución de 1886, de principios liberales. Durante este período, familias europeas llegaron al país y rápidamente se colocaron en una situación económica poderosa debido a su conocimiento del mercado internacional. La presidencia quedó en manos de los grandes terratenientes cafetaleros.
La élite económica gobernó el país pasándose la presidencia en forma directa. La actual bandera del país fue adoptada en 1912 durante la presidencia de Araujo, quién fue asesinado en febrero de 1913. Después del asesinato de Araujo, la poderosa familia de los Meléndez-Quiñonez gobernó el país hasta 1927.
Ellos eran miembros de la élite económica conocida como las 14 Familias (número que es evidentemente simbólico, por los catorce departamentos) u Oligarquía Criolla, por ser descendientes directos de españoles nacidos en el país. Arturo Araujo. Araujo instauró un régimen de libertades civiles y permitió la inscripción del PCS como partido político legal.
La dictadura de Martínez (1931-1944)
Apenas había asumido el poder el general Maximiliano Hernández Martínez, cuando en enero de 1932, el PCS participó en una insurrección popular junto a grupos indígenas y campesinos del occidente del país.
Farabundo Martí y los otros líderes del PCS fueron fusilados el 1 de febrero. Vencida la insurrección, el general Martínez consolidó su gobierno e inauguró lo que más tarde sería conocido como la Dictadura Militar de corte fascista.
Entre 1945 y 1948, el breve gobierno de Castaneda Castro, continuó muchas de las políticas del gobierno dictatorial de Martínez.