Se recomponen dos juntas más y a la tercera se integra Napoleón Duarte en marzo de 1980.

Inmediatamente, Duarte puso en práctica un programa de gobierno diseñado por asesores de Estados Unidos con las siguientes reformas políticas: se implementó una reforma agraria, la nacionalización de la banca, del comercio exterior, y del procesamiento del café y el azúcar.

El 10 de enero de 1981, el FMLN lanzó una ofensiva general y llamó a una insurrección a nivel nacional, la cual no tuvo éxito en la toma del poder, pero fue la acción de la guerra civil propiamente dicha.

En septiembre de 1981, la Comisión de Derechos Humanos de El Salvador (CDHES), informó que un total de 32,000 civiles fueron asesinados por fuerzas gubernamentales o por escuadrones de la muerte vinculados al Ejército, desde que la primera junta asumió el poder en el país.

Monumento a las víctimas de la Masacre del Mozote

Las Fuerzas Armadas salvadoreñas también se involucraron directamente en la represión indiscriminada, siendo el más notorio de estos incidentes la denominada Masacre de El Mozote entre el 10 y el 13 de diciembre de 1981.

Durante una incursión del Batallón Atlacatl a esta localidad del departamento de Morazán fueron asesinados varios cientos de civiles, probablemente más de un millar, y muchos más huyeron a refugiarse a Honduras.

Guillermo Manuel Ungo, y plantearon el diálogo y la negociación para resolver el conflicto en forma pacífica.

El 28 de marzo de 1982 fue elegida una nueva Asamblea Constituyente. Durante los 20 meses siguientes, la Asamblea desarrolló intensos debates en el proceso de redacción de la nueva Constitución de la República, que fue finalmente promulgada el 15 de diciembre de 1983.

Posteriormente, Álvaro Magaña Borja fue nombrado presidente provisional por la Asamblea. Duarte ganó las elecciones presidenciales en 1984

El 11 de noviembre, siguiendo un plan estratégico que según algunos medios de prensa Fidel Castro conocía de antemano, el FMLN lanza su ofensiva militar llamada “Hasta el Tope”.

Las negociaciones con ARENA continuaron con la firma del protocolo en Ginebra, Suiza, en abril de 1990, luego las delegaciones de ambas partes en conflicto suscriben en mayo el Acuerdo de Caracas con la mediación del representante personal del Secretario General de la ONU, Álvaro de Soto.