Pedro de Alvarado (Derrotó a Atonal, y fue derrotado por Atlacatl en 1525 ). El Imperio determinó que el territorio que hoy ocupa El Salvador formara parte de la Capitanía General de Guatemala, la cual dependía administrativamente del virrey de la Nueva España.
En los años que siguieron a la conquista, los españoles introdujeron animales y cultivos europeos en el territorio de El Salvador.
Durante el período colonial, se produjo un proceso de mestizaje entre indígenas, negros y españoles. Para el momento de la Independencia, los mestizos constituían la mayor parte de la población del territorio.
Mientras más sangre española, mejor posición, por ello los españoles penínsulares ocupaban las posiciones de privilegio, en especial los puestos más altos del gobierno colonial.
Organización territorial de El Salvador en la colonia
La Nueva España (1535-1821) era el virreinato español que se extendía desde el Oeste de los Estados Unidos hasta Costa Rica en Centroamérica, teniendo su capital en la Ciudad de México. De este virreinato dependía la Capitanía General de Guatemala (comprendida por los actuales territorios de Guatemala, Costa Rica, El Salvador, Honduras y Nicaragua).
Desde 1532 hasta 1786 el país que en el futuro sería El Salvador, estaba dividido de esta forma:
Alcaldía Mayor de Sonsonate (los actuales departamentos de Sonsonate y Ahuachapán)
Alcaldía Mayor de San Salvador (con toda la zona central y el Departamento de Santa Ana)
Alcaldía Mayor de San Miguel (toda la zona oriental)
Desde 1786 hasta 1824 como parte de las reformas borbónicas, se reorganizó el territorio:
Alcaldía Mayor de Sonsonate
Intendencia de San Salvador (formada por las Alcaldías Mayores de San Salvador y San Miguel)
Proceso de Independencia (1811-1821)
Desde las últimas décadas del siglo XVIII, en diversas regiones de América Latina, tuvieron lugar varias rebeliones en contra del dominio español, algunas más exitosas que otras.
Se sabe que líderes del movimiento independentista centroamericano como José Matías Delgado, José Simeón Cañas y José Cecilio del Valle, eran conocedores de las ideas de libertad individual e igualdad ante la ley, propugnadas por la Ilustración.
Estas medidas acrecentaron el sentimiento de independencia entre los criollos.
En el período de 1808 a 1814, se produjeron varios importantes alzamientos en el territorio de la Intendencia de San Salvador:
El Alzamiento del 5 de noviembre de 1811. Fue vencido en diciembre de 1811. Conocido como el Primer Grito de Independencia, fue encabezado por José Matías Delgado, Manuel José Arce y los hermanos Aguilar en San Salvador.
En junio de 1821, el Capitán General Urrutia fue sustituido por Gabino Gaínza.