Este fenómeno hacía que no hubiera ejércitos institucionales y que cada caudillo reclutara su propia milicia.
El primero de los caudillos locales de El Salvador fue Francisco Malespín quien gobernó desde 1840 hasta 1845.
Primero indirectamente, a través de los presidentes Norberto Ramírez, Juan Lindo y Juan José Guzmán, y a partir de 1844 directamente como presidente, sin embargo a los pocos días de asumir el poder, Malespín decide invadir Nicaragua y dejó al mando al general Joaquín Eufrasio Guzmán.
Gerardo Barrios, (1845–46); le sucedieron Eugenio Aguilar (1846-48) y Doroteo Vasconcelos (1848-51). Francisco Malespín ayudado por Rafael Carrera intenta inútilmente recuperar el poder hasta que es asesinado en 1846. El presidente Doroteo Vasconcelos.
Miguel Santín del Castillo (1858). Durante este período se produjo el decaimiento de la producción añilera a causa por la invención de los colorantes sintéticos en Europa. El cultivo de la planta de jiquilite de la que se extrae el colorante azul índigo o añil había sido la base de la economía del país desde el período colonial.
A pesar de que Barrios trató de no enemistarse con Rafael Carrera, finalmente llegaron a la confrontación bélica y las fuerzas salvadoreñas son nuevamente derrotadas.
En abril de 1871, el liberal Santiago González derrocó a Dueñas, lo que marca el triunfo de los liberales. En su gobierno que se prolongó hasta 1876, se proclamó la libertad de cultos, se secularizaron los cementerios, se legalizó el matrimonio civil, se introdujo la educación laica y se suprimieron las órdenes religiosas.
Esta legislación virtualmente permitió que unas pocas familias se adueñaran de grandes extensiones de tierras.
A partir de 1898, con la llegada al poder del general Tomás Regalado y hasta 1931, se sucedieron una serie de gobiernos estables.
A este período histórico se le conoce como la «República Cafetalera».
Bandera de El Salvador a partir de 1912.
El Dr. Manuel Enrique Araujo, presidente entre 1911 y 1913. Además de estas familias estaban también los Dueñas, los Araujo, los Orellana, los Álvarez y los Meza-Ayau.
Al final del período, asignaron a Pío Romero Bosque a la presidencia, pero éste organizó elecciones consideradas libres, que fueron ganadas por el Partido Laborista del Dr. Arturo Araujo. El Partido Laborista recibió el apoyo de estudiantes, obreros y del Partido Comunista Salvadoreño (PCS), que había sido fundado en 1930 por un grupo de militantes entre los que se encontraba Agustín Farabundo Martí.
Los alzados lograron apoderarse de las ciudades de Juayúa, Nahuizalco, Izalco, Sonzacate, Tacuba y Salcoatitan, en donde atacaron a las familias terratenientes.
Esto es muy importante indicarlo, ya que la insurrección de 1932 es reconocida por varios sociólogos e historiadores salvadoreños como la continuidad de la lucha de resistencia indígena iniciada por el indígena Anastasio Aquino, cacique de los Nonualcos.