Al concretarse la independencia centroamericana, solamente le quedaban tres opciones a la naciente unión de provincias: primero, conservar la unidad de las provincias; segundo, independizarse en naciones bien definidas; o tercero, anexarse al Imperio Mexicano de Agustín de Iturbide
La preocupación de los sectores conservadores se tranquilizó cuando las autoridades de Guatemala recibieron una carta de Iturbide, quien se había proclamado Emperador de México, invitando a Centroamérica a unirse al imperio.
Siendo Filísola fiel a su emperador y no a México, le pidió a la Junta de Guatemala que convocara a los diputados centroamericanos para que tomaran una decisión.
Provincias Unidas de Centroamérica. La asamblea constituyente fue presidida por el prócer salvadoreño José Matías Delgado. La Asamblea promulgó la primera constitución federal, el 22 de noviembre de 1824.
Costa Rica. La guerra duró hasta 1829. Los liberales se unieron en torno del hondureño Francisco Morazán, quien logró derrotar militarmente a las tropas federales y expulsó de Centroamérica a Arce, en 1829; siendo electo como Presidente de la Federación en 1830.
El Estado de El Salvador se dio su propia Constitución el 22 de junio de 1824, siendo jefe de Estado, el independentista Juan Manuel Rodríguez.
Una de las causas de la derrota de los liberales y la disolución de la Federación Centroamericana fue su anticlericalismo, el fuerte sentimiento provinciano de cada región, y además la aprobación de una serie de leyes que provocaron reacciones negativas entre la población indígena.
Las Cortes de Cádiz habían suprimido en 1812 los tributos de los pueblos indios. Cada vez que se querían implantar de nuevo, surgían reacciones negativas en las comunidades indígenas. Cuando Mariano Prado como Jefe de Estado de El Salvador introdujo el sistema de jurados y un nuevo impuesto que tenían que pagar todos los ciudadanos, se produjeron levantamientos en Izalco y San Miguel, produciéndose en 1833 la sublevación de los indígenas nonualcos, acaudillados por Anastasio Aquino, en la población de Santiago Nonualco en el actual departamento de La Paz.
Durante las tres décadas siguientes a la desintegración de la República Federal, El Salvador vivió un período de gran inestabilidad política, debido a la rivalidad entre liberales y conservadores, a los conflictos con los Estados vecinos, y a la falta de consolidación de la identidad nacional.
La lucha por el gobierno entre las dos facciones, llegó al extremo que estando uno de los dos grupos en el poder, el otro partido no dudaba en pedir ayuda a los países vecinos para derrocar al gobierno contrario, por lo que en este período hubo frecuentes insurrecciones y revueltas, manteniéndose un clima constante de guerra civil.