Después de miles de años de aislamiento, el territorio fue incorporado por la fuerza al Imperio español y convertido en colonia
virrey de la Nueva España.

La población nativa sobreviviente, diezmada por las guerras de conquista y por las nuevas enfermedades provenientes de Europa, pasaron a ser «indios» y su trabajo sería servir a sus conquistadores.

Hubo un gran esfuerzo para inculcar la cultura y la religión de los conquistadores a los indígenas.

Entre 1550 y 1600, las dos actividades principales fueron el cultivo del cacao, realizado principalmente en la región de Izalco en el actual departamento de Sonsonate; y la extracción de la resina del árbol de bálsamo en la región costera.

En Centroamérica, el sentimiento de independencia comenzó a crecer entre los criollos, que influidos por las ideas liberales de la Ilustración, veían en el proceso de independencia de los Estados Unidos y en la Revolución Francesa, un ejemplo a seguir.

Los historiadores consideran que el fenómeno que sirvió como detonante al proceso de independencia de Centroamérica, fue la Invasión Napoleónica a España en 1808 que significó el colapso temporal de la autoridad real.

Alzamiento del 5 de noviembre de 1811. Fue vencido en diciembre de 1811. Conocido como el Primer Grito de Independencia, fue encabezado por José Matías Delgado, Manuel José Arce y los hermanos Aguilar en San Salvador. Se extendió en los días siguientes del mes de noviembre a las ciudadades de Santiago Nonualco, Usulután, Chalatenango, Santa Ana, Tejutla y Cojutepeque.

El Alzamiento de 24 de enero de 1814, ocurrido en San Salvador, no tuvo éxito y la mayoría de los líderes independentistas fueron arrestados; siendo uno de ellos, Santiago José Celís, asesinado. En este movimiento hubo una amplia participación popular.

En 1820, la Revolución de Riego, en España, restableció la vigencia de la Constitución de Cádiz. El Capitán General de Guatemala, Carlos Urrutia, juró la Constitución en julio de ese año y poco después se convocó a elecciones para elegir ayuntamientos y diputaciones provinciales, además de permitirse la libertad de prensa en el territorio del Reino de Guatemala.

Plan de Iguala de Agustín de Iturbide. Ante esta nueva realidad, Gaínza convocó a la reunión de notables del 15 de septiembre.