El 15 de octubre de 1979, un grupo de militares liderados por el coronel Adolfo Majano expulsó al general Carlos Humberto Romero y formó una Junta Revolucionaria de Gobierno tras anunciar la Proclama de la Fuerza Armada. En marzo el Partido Comunista Salvadoreño funda las Fuerzas Armadas de Liberación, FAL.
Las fuerzas de las FPL, el Partido Comunista Salvadoreño y la FARN se unificaron en la Dirección Revolucionaria Unificada, DRU, formada en mayo.
Este crimen fue llevado a cabo por fuerzas militares combinadas de El Salvador y Honduras. En el mismo mes de mayo, las fuerzas guerrilleras fundaron la Dirección Revolucionaria Unificada – Político Militar (DRU-PM), y el 10 de octubre, las mismas se organizaron bajo el nombre de Frente “Farabundo Martí” para la Liberación Nacional (FMLN); posteriormente en diciembre se une el Partido Revolucionario de los Trabajadores Centroamericanos (PRTC).
Duarte es elegido presidente de la junta y el coronel Gutiérrez su vicepresidente. En mayo el mayor D’Aubuisson es capturado (y luego liberado) por intentar organizar un golpe de Estado contra Duarte.
Se calcula que la junta militar recibió 1.000 millones de dólares de Estados Unidos en concepto de ayuda militar para combatir la insurgencia.
El FDR se alió al FMLN, esta vez liderado por el Dr. La alianza FMLN-FDR logró el reconocimiento como fuerza política representativa del país por parte de la comunidad internacional con la Declaración Franco-Mexicana en julio de 1981.
El 28 de marzo de 1982 fue elegida una nueva Asamblea Constituyente. Duarte ganó las elecciones presidenciales en 1984 ante D’Aubuisson de ARENA. Según el PDC y Duarte, D’Aubuisson y su partido de ARENA tenían lazos directos con los escuadrones de la muerte, el embajador estadounidense, Robert White, había descrito como “un asesino patológico” al fundador de ARENA
En 1984, Duarte realizó dos reuniones históricas de diálogo y negociación con la alianza FMLN-FDR, una en el pueblo de La Palma, Departamento de Chalatenango, y la segunda en Ayagualo, Departamento de La Libertad. En mayo de 1987, la alianza FMLN-FDR presentó su propuesta de paz de 18 puntos.
En abril de 1989, el FMLN presentó en Washington su plataforma para negociar el fin de la guerra. En diciembre de 1990 el FMLN lanza lo que sería la última ofensiva militar de carácter nacional y en la que se derriban los primeros aviones con misiles tierra-aire.
Al establecerse una especie de equilibrio de fuerza, el gobierno de ARENA accede a la firma del Acuerdo de Nueva York el 31 de diciembre, y el 16 de enero 1992 las negociaciones terminaron con la firma del Acuerdo de Paz en Castillo de Chapultepec, en México, poniendo fin a 12 años de conflicto interno.