El 15 de septiembre de 1821, en una reunión en la Ciudad de Guatemala, los representantes de las provincias centroamericanas declararon su independencia de España y conformaron una Junta Gubernativa provisional, presidida por el antiguo Capitán General español, Gabino Gaínza. La noticia de la independencia llegó a San Salvador el 21 de septiembre.
La Junta decidió consultar a los ayuntamientos y respondieron dos tercios de ellos, de los cuales 168 aprobaron la anexión, y dos, San Salvador y San Vicente, rehusaron unirse a México.
Cuando Filísola regresó a Guatemala, recibió la noticia de que Iturbide había sido derrocado y que México se había constituido en república. La asamblea centroamericana proclamó, el 1 de julio de 1823, la independencia de España, México o cualquier otra nación y se constituyeron las Provincias Unidas de Centroamérica
El 22 de diciembre de 1823 la Alcaldía Mayor de Sonsonate y la Intendencia de San Salvador acuerdan unirse, Ahuachapán se rehusa hasta el 7 de febrero de 1824, cuando las dos provincias se unen totalmente y forman el Estado de El Salvador, perteneciente a las Provincias Unidas de Centroamérica. La asamblea constituyente fue presidida por el prócer salvadoreño José Matías Delgado.
La Asamblea promulgó la primera constitución federal, el 22 de noviembre de 1824.
El caudillo liberal Francisco Morazán
Se eligió en 1825, como primer presidente de la República Federal, al salvadoreño Manuel José Arce apoyado por los liberales, pero éste, para poder gobernar buscó el apoyo de los conservadores que eran mayoría en el Congreso Federal.
Morazán con sus tropas federales entraron a San Salvador, destituyendo a Cornejo y dejando en el poder a Mariano Prado, quien al poco tiempo es sustituido por Joaquín de San Martín, que de nuevo anuncia la separación de la Federación.
En Centroamérica, los liberales apoyaban el reconocimiento legal de las libertades individuales, la liberalización del comercio, la separación entre Iglesia y Estado, además de defender el unionismo centroamericano; mientras, los conservadores, por el contrario apoyaban mantener muchas de las instituciones coloniales, la colaboración entre autoridades civiles y eclesiásticas, y preferían la independencia de cada país de la antigua Federación.